Затем, что не факт, что ты вспомнишь, где, когда и что менял.

Затем, что любое обновление ставит под угрозу такой грязный хак, который спокойно может затереть (ведь там заменяются файлы, а не используются диффы).

Затем, что так удобнее, наконец, и фанкшнс как раз для этого предусмотрен.

Затем, что это правильно.

Ну и не стоит забывать, что каждая тема имеет свою допустимую глубину вложений – ее, конечно, можно реализовать и через CSS, переставая маргинить комменты вправо, но и глубина тоже играет роль.